Nuestro colegio comenzó su andadura educativa el curso escolar 2000/01. Nuestro colegio nació como una segregación del C.P. Mendillorri, que por aquel entoces ya no podía dar cabida a todos los alumnos del barrio. Algunos profesores/as del antiguo colegio de Mendillorri subieron al nuevo colegio, que al principio se llamó Mendillorri III.

El Día 31 de agosto de 2000 la prensa local reflejaba así el inicio de las clases:

El curso 2003-04 cambió su nombre y  con el acuerdo del profesorado tomo el nombre de "El Lago de Mendillorri". El antiguo colegio (Mendillorri I), quedó como C.P. Mendillorri, por su parte Mendillorri II (modelo D) tomó el nombre de Elorri, y Mendillorri IV (modelo D) tomó el nombre de C.P. Mendigoiti.
    Durante el curso 1999-2000 el Colegio fue construído en el parque central de Mendillorri, entre las calles Concejo de Gorráiz y calle del Lago, junto al Centro de salud y se extiende en una superficie de unos 11.745 metros cuadrados.

Estas fotos forman parte de nuestra historia como Centro Educativo de esta comunidad de Mendillorri Alto: