Durante el curso 1999-2000 el Colegio fue construido en el parque central de Mendillorri, entre las calles Concejo de Gorráiz y calle del Lago, junto al Centro de salud y se extiende en una superficie de unos 11.745 metros cuadrados.
Nuestro colegio comenzó su andadura educativa el curso escolar 2000/01. Nació como una segregación del C.P. Mendillorri, que por aquel entonces ya no podía dar cabida a todo el alumnado del barrio. Algunos docentes del antiguo colegio de Mendillorri subieron al nuevo colegio, que en un principio se llamó Mendillorri III.
En el curso 2003-04 cambió su nombre y con el acuerdo del claustro tomó el nombre de “El Lago de Mendillorri”. El antiguo colegio (Mendillorri I), quedó como C.P. Mendillorri, por su parte Mendillorri II tomó el nombre de Elorri, y Mendillorri IV tomó el nombre de C.P. Mendigoiti.
Actualmente, el centro disfruta de muchas mejoras desde aquel primer curso, disponemos de pizarras digitales en toda primaria, pantallas planas en Ed. Infantil, aula de informática con 16 equipos Google Crhome Box (centro piloto en Navarra), tenemos aula de psicomotricidad, gimnasio cubierto para primaria, polideportivo municipal para trabajar la Ed. Física en 5º y 6º, biblioteca y sala de proyecciones, aula específica de modelo A con pizarra digital, etc….
A día de hoy nuestro alumnado de 6º de primaria continua sus estudios en el edificio que está al lado de nuestro colegio (IES Mendillorri).